Als Sohn eines Pfarrvikars und Lehrers wuchs Schubart zunächst in Aalen auf. Von 1763 bis 1769 lebte er in Geislingen an der Steige. 1769 wurde er als Organist und Musikdirektor an den württembergischen Hof nach Ludwigsburg berufen. Dem dortigen Adel und Klerus wurde er aufgrund seines lockeren Lebenswandels, seines mangelnden Respekts sowie seiner scharfen Kritik an Aristokratie und Geistlichkeit zusehends ein Dorn im Auge. Nach vier Jahren sah sich Herzog Karl Eugen gezwungen, ihn des Landes zu verweisen. In Augsburg begann er 1774 die Herausgabe der Zeitschrift Teutsche Chronik (Erstausgabe am 31. März), in welcher vor allem gegen die Jesuiten polemisiert wurde. Als nach kurzer Zeit der Augsburger Magistrat den Druck des Journals verbot, wurde dieser in Ulm fortgesetzt, wohin auch Schubart 1775 ging, nachdem er aus Augsburg vertrieben worden war. Zwei Jahre später (1777) lockte Karl Eugen ihn mithilfe eines Lockspitzels nach Blaubeuren, um ihn auf württembergischem Territorium verhaften zu können (siehe auch: Schubartstube). Man brachte ihn auf die Bergfestung Hohenasperg, wo er die folgenden Jahre das Opfer absolutistisch motivierter Umerziehungsmaßnahmen war. Erst im Mai 1787 ließ der Herzog ihn frei – vor allem angesichts der Einmischung Preußens. Darüber hinaus wurde er zum Musik- und Theaterdirektor am Herzogshof zu Stuttgart ernannt, wo er die Herausgabe seiner Zeitschrift (unter neuen Titeln) fortführte. Mit dem Tod Schubarts 1791 verbindet sich die Sage, er sei lebendig begraben worden, was Hölderlin und andere sehr erschüttert haben soll. Der Dramatiker Heiner Müller wollte 1995 sogar eine "große Angst deutscher Dichter seit Schubart" festgestellt haben, scheintot beerdigt zu werden, Zitat: "Als man sehr viel später den Friedhof abgeräumt hat, hat man entdeckt, dass der Sarg von innen völlig zerkratzt war, der Sarg von Schubart, das ist schon makaber, nach zwölf Jahren Knast auch noch scheintot zu sein."